Alrededor de 1500 huelguistas fueron fusilados en el marco de los sucesos de la «Patagonia Trágica», que comenzaron con un conflicto entre hacendados y peones por despidos de obreros rurales y por las magras condiciones laborales. El gobierno radical envió un grupo militar para resolver el conflicto y la manera como el teniente coronel Varela cumplió la misión fue la eliminación de los trabajadores en protesta. El asunto concluyó con el silencio y la negativa a investigar la verdad por parte del gobierno, para no avivar el escándalo.
En algunas zonas de la Patagonia, aún es posible convocar los bramidos de los fusilamientos de rebeldes obreros en la década del 20’. Una acústica macabra, que no deja de recordar uno de los episodios que marcaron a fuego la historia del movimiento de trabajadores en Argentina. «La Patagonia Trágica»: una fábrica de cadáveres, previa degradación humana que hace difícil llamar a la muerte por su nombre. Porque las eliminaciones hechas por las tropas que respondían al gobierno radical fueron encomendadas contra peones que no tenían nada, que trabajaban en turnos de 15 horas, arriando majadas con 18º bajo cero por salarios insignificantes, que no tenían casi tiempo de ver a sus familias y que dormían apiñados en piezas diminutas. Hasta que cierto día tomaron conciencia de su humanidad, pensamiento que indignó a hacendados y autoridades locales. No tenían esas atribuciones, no podían pensar ni actuar autónomamente y, quien lo hiciera, habría de recibir el azote letal de la Ley. Así sucedió: alrededor de 1500 huelguistas fueron asesinados.
Todo comenzó a partir de una crisis económica. El precio de la lana después de la Primera Guerra Mundial se había desbarrancado, los estancieros latifundistas ya no estaban generando ganancia y acumulaban ingentes stocks de producción que no podían colocar por falta de compradores. Naturalmente, los primeros que padecerían los efectos de la crisis serían los asalariados. Gran cantidad de despidos sumados a las humillantes condiciones de trabajo detonaron las protestas.
La Sociedad Obrera de Río Gallegos y la Federación Obrera (FORA), de tendencia anarquista, comenzaron a actuar con celeridad. Impulsaron una intensa campaña de sindicalización de peones. Difundieron literatura libertaria y propiciaron la organización obrera antioligárquica. Aparecieron las huelgas y con ello comenzaron las detenciones, allanamientos policiales y clausura de locales 
obreros en algunas ciudades de la Patagonia. Entraron en escena los parapoliciales escuadrones “blancos” de la Liga Patriótica que, al margen de la ley pero sin un límite de hecho, perseguían a huelguistas y colaboraban con comerciantes y terratenientes de la zona. Mientras tanto, las negociaciones entre trabajadores y hacendados fracasaban porque los últimos se negaban a aceptar el petitorio con exigencias módicas que presentaron los huelguistas para reanudar su actividad. Se reclamaba un sueldo mínimo de 100 pesos, comida en buen estado, dignas condiciones de higiene, velas para alumbrar en la noche y que las instrucciones de los botiquines sanitarios estuvieran en español en lugar de inglés.
Enterado de la crisis y presionado por Gran Bretaña, que estaba preocupada por las difíciles circunstancias de los compatriotas hacendados en Patagonia, el presidente radical Hipólito Yrigoyen envió en enero de 1921 a Santa Cruz a tropas del ejército al mando del teniente coronel Héctor Benigno Varela con la orden de normalizar la situación.
Los sindicalistas esperaban a los militares de la nación con gran optimismo porque confiaban en que se pondrían de su lado. El tiempo les demostraría lo equivocados que estaban.
Inicialmente se impuso la vía del diálogo y, con la mediación del gobernador Izza, se llegó a un acuerdo por el cual los terratenientes se comprometían a cumplir con las exigencias de los peones.
Varela y sus hombres volvieron a Buenos Aires, pero el quebrantamiento del convenio meses más tarde por parte de los hacendados hizo que el conflicto estallara con mayor virulencia. Se decretó paro general y se ocuparon haciendas
. La organización obrera se fortaleció y se proveyó de armas para la autodefensa. Los principales líderes del movimiento libertario eran el español Antonio Soto y el entrerriano José Font, conocido como el noble gaucho «Facón Grande».
En vistas de este panorama de beligerancia, en octubre de 1921 volvieron las tropas de Varela, esta vez con el objetivo preciso de acabar con las huelgas y revueltas como sea.
Tomando como excusa un episodio confuso de enfrentamiento con balas entre un estanciero y vándalos comunes que nada tenían que ver con la protesta, Varela interpretó que se trataba de un caso de insurrección armada y, amparándose en el Código Militar, declaró la ley Marcial. Así se dispararía una escalada cruenta de violencia y represión que liquidaría las huelgas al compás de fusilamientos masivos de anarquistas y 
peones rurales. Una de las situaciones más sangrientas se vivió en la Estancia La Anita, donde centenares de obreros cayeron abatidos frente a pelotones de fusilamiento. También se produjo un episodio trágico en los campos del establecimiento ganadero Bella Vista. Los cadáveres de los 200 peones que resultaron asesinados allí fueron trasladados a una fosa común en lo que hoy se conoce como el Cañadón de los Muertos, cerca de la localidad de Gobernador Gregores. Entre las 1500 víctimas que aproximadamente dejó el accionar militar en el sur argentino, se encontraban Hugo Soto y Facón Grande.
Las huelgas y fusilamientos concluyeron, pero las pasiones que dejó atrás el genocidio no quedarían a la deriva. Kurt Gustav Wilckens, un anarquista alemán que había sufrido el fusilamiento de su hermano, iniciaría la cadena de venganzas, un año después de la masacre. Llegó a Buenos Aires para matar a Varela. Lo siguió cerca de su 
casa en el barrio de Palermo, le arrojo u
na bomba y luego lo liquidó con algunos balazos. Un centinela mató a Wilckens al encoñanarlo por la mirilla del calabozo donde la víctima cumplía arresto. Finalmente, la secuencia de revanchas llegó a su fin con el homicidio del centinela por parte de un antiguo huelguista patagónico.
No se sabe si Hipólito Yrigoyen tuvo una participación directa en los episodios de la «Patagonia Trágica». Las teorías son de lo más diversas. Pero lo que no puede ser pasado por alto es que, pese a los reclamos de la oposición, la bancada radical -mayoritaria en el Congreso Nacional-, no permitió la intervención de una Comisión Investigadora para estudiar los acontecimientos. Decidieron que la verdad no saldría a la superficie, en parte porque no querían más tensiones con el Reino Unido, país con el que Argentina sostenía mayores relaciones económicas en la época (las estancias, en su mayoría, eran propiedad de ingleses). Asimismo, porque consideraron que no valía la pena caldear más 
el ambiente cuando se trataba en definitiva –calculaban- de víctimas insignificantes en los confines del desierto patagónico. De tal suerte, el gobierno radical tuvo gran responsabilidad no sólo en la ejecución, sino además en el silenciamiento del genocidio. La historia lo debe recordar de esa manera.