No se sabe bien quién descubrió la Patagonia. Algunos dicen que fue Américo Vespucio en su expedición de 1502. Pero lo que es seguro es que el descubridor de sus habitantes, los «patagones» que le dieron nombre, fue Magallanes en 1520.
Elcano, el único sobreviviente de esa expedición volvió a la Patagonia en 1525. Él y sus hombres, tocaron los puertos que hoy se llaman Deseado, Santa Cruz y Río Gallegos antes de dirigirse al Estrecho
de Magallanes.
Todos estos primeros hombres vinieron por el mar.
Al mismo tiempo, desde el norte y la cordillera, fueron llegando a la Patagonia otros viajeros-exploradores. Por la cordillera, Jerónimo de Alderete, un lugarteniente de Pedro de Valdivia, conquistador de Chile, cruzó la cordillera a mediados del siglo XVI penetrando en tierras de la actual provincia de Neuquén. Otros lugartenientes, Francisco y Pedro de Villagra, cruzaron por el paso Villarrica, en la misma región hacia el año 1553.
Pero cuando los araucanos mataron a Pedro de Valdivia, todo se paralizó por más de 100 años. Recién después de 1620 vuelven a cruzar la cordillera otras expediciones.
¿Qué buscaban estos primeros exploradores empedernidos, viajeros casi a la fuerza?
La mayoría buscaba enriquecerse. Algunos a costa de la cosecha de
esclavos indígenas, otros encontrando el oro y la plata ocultos en alguna parte. Pero también estaban los que corrían tras un mito: la Ciudad de los Césares. Esto último fue el motor de la expedición de Mascardi, fundador de la misión de los poyas, en Nahuel Huapi, en 1670. También tras los Césares andaba Hernandarias cuando salió de Buenos Aires en 1605 y llegó hasta el Río Negro.
El mito de los Césares
«… la ciudad encantada de los Césares es la última leyenda que murió en América y la primera que hechizó las infinitas soledades del sud. Por espacio de trescientos años enloqueció a guerreros y frailes, arrastrándolos, como fascinados, de un extremo a otro de la Patagonia». Así lo cuenta el historiador Enrique de Gandia. Muchos españoles dijeron haber estado allí, y también hubo indios testigos del milagro.
Según de Gandia, el mito nace de un viaje hecho por el capitán Francisco César, en 1529, desde el fuerte Sancti Spiritus, en la actual provincia de Santa Fe, hasta Córdoba o San Luis. Partió hacia el oeste con pocos hombres y regresó en un mes y medio. Allí seguramente recogió noticias de los incas, y al volver relataron que «había tanta riqueza que era maravilla, de oro e plata e piedras preciosas e otras cosas…»
Y después de los primeros, llegaron otros…
Detrás del padre Mascardi otros viajeros llegaron a la zona de Bariloche: fueron los jesuitas. Ellos introdujeron, alrededor de 1703, las primeras ovejas.
Fue también un jesuita, el padre Falkner, el que publicó una obra en la que daba a conocer la Patagonia al mundo entero. A partir de ese momento, España sintió la codicia que podía despertar una extensión tan grande 
apenas habitada y comenzó la población y fortificación de la indefensa costa patagónica. Así nacieron San Julián, en Santa Cruz, San José en Chubut y Patagones-Viedma, en 1779.
Un siglo después, en 1860, el francés Orélie Antoine I, se autoproclamó Emperador de Araucanía y Patagonia. Era un monarca aparentemente loco que se instaló en la parte occidental de la cordillera de los Andes, pretendiendo fundar un reino andino al sur de la actual Neuquén. Acuñó moneda y fundó una dinastía que aún continúa en Francia. Las autoridades chilenas lo apresaron y lo expulsaron. Aún hoy existen en Francia descendientes de este Rey de la Patagonia que ostentan títulos nobiliarios heredados de Orélie Antoine I.