Puerto Iguazú nació alrededor de 1609, con el establecimiento en la zona de las primeras misiones jesuíticas, que permanecieron por más de un siglo y medio.
A fines del siglo XIX se hizo la primera visita “turística” a las Cataratas. En ella viajaba Victoria Aguirre, la dama que luego donaría parte del dinero para construir el camino hasta los saltos.
En el año 1901 se funda el pueblo del actual Puerto Iguazú, que nació como Puerto Aguirre. En ese mismo año se construyó el primer camino desde el pueblo hasta las cataratas, gracias a la donación de tierras y dinero que efectuó la Srta. Victoria Aguirre.
A partir de allí, el crecimiento fue rápido: en 1906 se construyó el primer hotel, en 1907 se instalan los servicios esenciales como escuela, comisaría, estación de prefectura y de radiotelefonía, etc..
En 1934 comenzaron los trámites para la creación del Parque Nacional.
Hubo que esperar hasta casi 1940 para tener el primer diseño urbano del pueblo, con sus plazas, el sitio para el mirador, la capilla, el correo, y todo lo que hace a una ciudad. Pero la comuna de Iguazú tiene fecha de creación en 1943.
En el año 1952 se inauguró el hito Tres Fronteras y en 1959 se creó la Administración de Aduanas. En 1984 las Cataratas del Iguazú fueron declaradas Patrimonio Natural de la Humanidad. Finalmente, en 1985 se construyó el Puente Internacional Tancredo Neves, que lleva a Foz do Iguaçu.