El nombre de San Julián le fue dado por Hernando de Magallanes 
cuando llegó a esta bahía, el 31 de marzo de 1520. Al día siguiente, Domingo de Ramos, se rezó una misa, la primera en territorio argentino. Un monumento, ubicado en uno de los extremos de la Avenida Costanera, recuerda este hecho.
La expedición de Magallanes había partido casi siete meses antes y constaba de cinco naos, embarcaciones de más envergadura y capacidad de carga que las carabelas. Esa era la Armada Magallánica.
Seguramente la tensión acumulada en los largos meses de la navegación junto con serios conflictos que desde el comienzo había mantenido el marino con su tripulación (hay que tener en cuenta que él era portugués y su flota estaba compuesta mayoritariamente por españoles) hicieron eclosión en San Julián. Hubo un motín que dejó como saldo un capitán rebelde muerto durante los enfrentamientos, un ajusticiado por orden de Magallanes y dos desterrados. Esto último era casi una condena a muerte: ¿podemos imaginarnos lo que significaba ser “desterrado” en la desolada costa patagónica en el año 1520? El nombre de “Banco Justicia” que lleva un pequeño promontorio en medio de la Bahía de Puerto San Julián recuerda este suceso: fue el lugar elegido para decapitar al condenado.
Pigafetta, el famoso cronista italiano, iba en esta expedición. Él es quien, a través de sus escritos, nos ha hecho llegar con lujo de detalles los sucesos de esta expedición. Fue aquí, en San Julián, donde se produjo el primer encuentro entre un europeo y los tehuelches. Los famosos indios “gigantes”, a los que ya sea por el tamaño de sus pisadas o por creerlos poseedores de un tamaño monstruoso y una fuerza sobrehumana, Magallanes llamó “Patagones”, origen del nombre que después se le dio a toda la región. (Según la versión más aceptada, el nombre fue puesto por la semejanza que Magallanes encontró entre estos aborígenes y un personaje imaginario, protagonista de una famosa novela de caballería, muy conocida en Europa en esa época, que era un gigante).
Magallanes ordenó apresar a dos tehuelches para llevarlos a Europa. Los dos murieron, se negaron a comer.
Al conocer esta parte de la historia de Puerto San Julián cobra sentido el eslogan elegido para la ciudad: “Origen del mito patagónico”.
Magallanes permaneció sólo cinco meses en este lugar, pero fueron tan trascendentes los acontecimientos que le tocó vivir aquí, que San Julián se transformó en un lugar de referencia para todos los que después emprendieron la fabulosa travesía de llegar al último confín del mundo.
La Nao Victoria, cuya réplica se encuentra hoy, sobre la playa, donde desemboca la avenida de acceso a Puerto San Julián, fue la única de la Armada Magallánica que logró atravesar el Estrecho de Magallanes y dar la vuelta al mundo. Ha regresado, simbólicamente, a las costas donde se produjo el primer desembarco patagónico, y es uno de los lugares de visita obligatoria al pasar por la ciudad.
Mucho tiempo después…
Recién dos siglos más tarde se instaló el primer asentamiento, en la zona de Cabo Curioso que tenía por finalidad extraer sal para enviar a Buenos Aires.
Era 1780 cuando la corona española, en plena política pobladora, envía 200 familias para poblar la costa que corría peligro de ser tomada por los corsarios, la mayoría ingleses.
Así Antonio de Viedma fundó la Colonia de Florida Blanca de la cual quedan actualmente muy pocos vestigios que pueden ser visitados.
Un dato curioso: en Floridablanca nació la primera mujer blanca de la Patagonia. En el año 1783 se ordenó levantar la colonia, en la que, con la permanente colaboración de los tehuelches, se había llegado a cosechar trigo y avena, algo impensable en la zona, aún hoy en día!
En 1834, Charles Darwin, a bordo del Beagle comandado por Fitz Roy, hizo un relevamiento científico en Puerto San Julián, que incluyó en su libro Viajes de un naturalista alrededor del mundo. Le llamó la atención, entre otras cosas, la posibilidad de ver, en los estratos del terreno, “las formidables revoluciones geológicas” ocurridas en esta parte del planeta.
Y llegaron las ovejas…
El verdadero crecimiento de esta localidad comenzó a fines del siglo XIX con la colonización ganadera. Recién en ese momento puede decirse que nace Puerto San Julián, reconocido como centro urbano el 17 de septiembre de 1901.
Para situarnos un poco en esa época hay que decir que la Patagonia era un enorme territorio prácticamente desierto. El principal centro poblado era Punta Arenas, en Chile. Río Gallegos era sólo unas pocas casas. Y la mayor parte de los primeros pobladores de San Julián llegaron desde Punta Arenas o desde Malvinas. Todos eran extranjeros.
El Frigorífico Swift
Como consecuencia directa de la explotación ganadera se inicia la primera actividad industrial de Puerto San Julián. En el año 1912 se crea el frigorífico Swift, que fue la principal (y única) fuente de ingresos para la localidad hasta 1963 en que cerró. Fue uno de los establecimientos patagónicos que mayor cantidad de lanares carneó. Trabajaba de febrero a mayo y empleaba a una gran cantidad de obreros. Las condiciones de vida y trabajo eran miserables. Esto provocó huelgas y levantamientos sindicales, algunos muy violentos.
El desmantelamiento de Swift obligó a muchas familias a radicarse en otro lugar, provocando una oleada emigratoria que dejó a San Julián casi postrada.
Actualmente su principal actividad gira en torno a su puerto donde se procesan conservas y enfriados para su exportación. También es de gran importancia la actividad minera. Se extrae de la zona arcillas, caolín, cobre, sulfato y cloruro de sodio, entre otros.