El A.N.P.P. Sistema Domuyo protege especies de la “Estepa Altoandina”, sitios arqueológicos prehispánicos y el ecosistema de las termas volcánicas que, entre otras cosas, permite la existencia de un alga muy especial que sobrevive en temperaturas muy elevadas.
El paisaje del área muestra la acción de los volcanes y de los glaciares, que actuaron sobre las rocas y las montañas dándoles formas muy particulares y formando cañadones y valles en los que se pueden encontrar amonites, una especie de caracol prehistórico fósil.
Una marca de la actividad volcánica, es la presencia de géiseres, fumarolas y arroyos de aguas termales (18 manifestaciones en total) que afloran a temperaturas superiores, en algunos casos, a los 61º C.
En las aguas de esas vertientes y arroyos del Sistema Domuyo vive una comunidad de algas (endémicas) verdeazules adaptadas a soportar temperaturas elevadas.
En el área hay también sitios con pictografías y petroglifos de origen precolombino y de estilo abstracto. (Líneas rectas y paralelas) similares a los encontrados en Chile, en la misma región.