Esta localidad fue la primera población fundada en la Provincia de Neuquén. Hoy forma parte del corredor de la mítica Ruta 40 y es la puerta de acceso a los senderos del Lanín.
Durante siglos fue paso obligado entre la Araucanía chilena y las pampas argentinas. La Conquista del Desierto cierra este ciclo y funda el 15 de febrero de 1883 el Fuerte de Junín de los Andes en el valle del río Chimehuín.
En 1892 el padre Domingo Milanesio funda la Misión Salesiana, comenzando así la evangelizacion de los pueblos aborígenes de la región. En 1894 se instala el primer consejo municipal y en su entorno se construyen viviendas y comercios gracias a los remates de lotes fiscales.
A principios de este siglo Junín de los Andes se transforma en el centro administrativo y comercial de la zona. La industria ganadera es su principal fuente de ingresos.
Hoy es también un centro turístico en el que se pueden encontrar variados atractivos y desarrollar muchas actividades y excursiones.
Como Junín de los Andes se encuentra rodeado por más de diez comunidades mapuches, el paseo artesanal de esta ciudad es uno de los más variados y autóctonos de la región. También se encuentra aquí un interesante Museo Mapuche.
Otro lugar de visita imperdible es la Iglesia Nuestra Señora de Las Nieves. Inaugurada finalmente en 1999, presenta uno de los más bellos ejemplos de esa rara mezcla de culturas que se dio en muchos sitios de la Patagonia: la religiosidad cristiana y la cultura mapuche. Los elementos que predominan son la madera y la piedra de la región, y también una novedosa utilización del vidrio y los vitrales, lo que le da un ambiente casi mágico. Allí se encuentran los restos del padre Domingo Milanesio y las reliquias de la Beata Laura Vicuña, emblema de la localidad.
El Volcán Lanín es uno de los grandes atractivos de la zona. El ascenso se puede realizar por su ladera norte, llamada «ruta tradicional». Es la que da al Lago Tromen. Por este lado existen tres refugios, en uno de los cuales se puede pernoctar.
La otra vía de ascenso está reservada sólo para andinistas experimentados. Se efectúa por la ladera sur, la que da al Lago Paimún. Hay un solo refugio y para el último tramo se requiere experiencia en el hielo.
Y por supuesto, está la pesca de salmónidos, lo que ha hecho a Junín de los Andes un sitio reconocido mundialmente: la Boca del Chimehuín, la confluencia con el río Curruhue, el Corredor de los Lagos… Y tantos lugares…