Distintas razas indígenas habitaron la Patagonia miles de años antes de que llegaran los españoles.
Su cultura no era adelantada, por lo cual hoy sólo quedan leves vestigios de esas poblaciones (depósitos funerarios, cuevas, escrituras rupestres, lugares de labores de piedras o conchillas). Las mejores referencias de los antiguos pobladores se han obtenido en los yacimientos arqueológicos de El Juncal, lugar cercano a la ciudad de Viedma, en el este de la Provincia de Río Negro. Allí fueron hallados los «cráneos negros», así llamados por la impregnación de sales que recibieron en su largo entierro.
Antes de la Conquista del Desierto, la zona era un área de transición de dos razas indígenas muy diferentes entre sí. Una provenía de la zona pampeana y la otra de la zona andina del Pacífico: los Tehuelches y los Mapuches argentinos y chilenos.
Los tehuelches habitaban desde el río Colorado hasta los canales magallánicos, divididos en varios grupos. Hablaban la lengua del grupo Ken, eran de vida nómade, cazadores de guanacos y avestruces. Poseían un físico desarrollado, lo que les valió que los llamaran Patagones, ya que medían seis pies y diez pulgadas de promedio, de cabeza angosta y larga y cara alargada. Antonio Pigafetta, un integrante de la expedición de Magallanes, describe así su encuentro con un tehuelche:
«Un día, un hombre de figura gigantesca se presentó ante nosotros. Era tan grande que nuestra cabeza llegaba apenas a su cintura. Su cara era ancha y teñida de rojo. Su manto estaba hecho de pieles, muy bien cosidas, de un animal que abunda en este país. Este animal tiene cabeza y orejas de mula, cuerpo de camello, patas de ciervo y cola de caballo… Llevaba este hombre también una especie de zapatos, hechos con la misma piel…»
Su vida estaba condicionada por un medio muy hostil: terribles vientos, inviernos muy fríos y escasez de agua, lo que les impidió cultivar la tierra.
Por contraste, los Mapuches eran bajos y robustos, de cabeza ancha y corta y cara redonda, siendo superior su nivel cultural al ser de costumbres sedentarias. Eran cazadores y agricultores, con conocimientos de tejidos y alfarería.
Los Mapuches (nombre que significa gente de la tierra) habitaban originariamente en territorio chileno. En el siglo XVIII, empujados por los invasores españoles, aprendieron a montar a caballo y se trasladaron a otras tierras. Entraron así en la Patagonia argentina, lo que marcó el comienzo de la agonía de los Tehuelches.
Ocuparon el norte de la Patagonia y el sur de la llanura pampeana, se mezclaron con los tehuelches y los pampas y, dado que eran más evolucionados culturalmente y mucho más belicosos, les impusieron sus costumbres y su lengua, y terminaron por avasallarlos. Esto, sumado al exterminio español y a la incorporación rasgos culturales del blanco, determinó el fin de los Tehuelches.
Algunas de las actuales agrupaciones son descendientes de núcleos originarios, con líderes o caciques, otras se construyeron sobre la base de familias dispersas y cruzamientos.
La zona actualmente ocupada por aborígenes corresponde en su mayor parte a las zonas áridas, con bajas precipitaciones, pastos escasos y duros. Son tierras pobres en materias orgánicas, donde no existen cursos de agua relevantes, ni superficiales ni subterráneos.
El clima es frío y riguroso, con temperaturas extremas durante la mayor parte del año, con siete meses de sequía y vientos secos e intensos. Las especiales condiciones geográficas y climáticas no permiten el desarrollo de especies vegetales aptas para la alimentación del ganado vacuno y por ende de la población; sólo es posible la cría de ovinos y caprinos.
Tales características indujeron al hombre blanco a ir postergando la ocupación de dichas tierras, limitándose a la posesión de campos para la explotación extensiva de la ganadería ovina. Esta situación facilitó la permanencia, hasta el presente, y el arraigo de los citados aborígenes, los que constituyen uno de los más importantes grupos indígenas del país.
Se calcula que actualmente son 40000 los mapuches en la región, aunque los jóvenes emigran a las ciudades de la región en busca de bienestar económico.