Hay varias hipótesis sobre el origen del nombre Patagonia. La más plausible está relacionada con alguna de las tribus de aborígenes que la habitaban, aunque nada tiene que ver con el tamaño de sus pies!
Antes de la llegada de los españoles poblaban la región distintos grupos de indígenas. En la isla de Tierra del Fuego estaban los yámanas y los onas o selknam. En el continente vivían tribus de pehuenches, mapuches y tehuelches.
Justamente a estos últimos, según una de las interpretaciones, le debe el nombre la región: Al parecer eran de gran estatura y con un físico muy desarrollado por lo que los primeros españoles que llegaron los llamaron «patagones», comparándolos con «Patagón», el nombre de un gigante, personaje muy popular en unas novelas de la época.
Otra de las historias con respecto al origen del nombre Patagonia también hace referencia a los tehuelches, pero en este caso se dice que el nombre proviene de las enormes huellas que dejaban, un poco debido a su físico y otro poco porque se cubrían los pies con pieles para protegerlos.
Hoy en día la mayor parte de los indígenas patagónicos vive en reservas o 
trabajan en estancias. La comunidad más numerosa es la de los mapuches, con unas 35.000 personas.
Restos de la vida primitiva de los pueblos indígenas se encuentra en cavernas con dibujos rupestres y en los depósitos de piedras, llamados «picaderos», donde aún hoy pueden encontrarse puntas de flechas y distintos instrumentos de trabajo utilizados por los indios.